يتم اللجوء الى الحقن المجهري في الحالات التالية:

• عندما يكون لدى الرجل إضطرابات شديدة تؤثر على واحد أو أكثر من الخصائص التالية:
  • عدد الحيوانات المنوية: قليل النطاف.
  • الحركية: وهن النطاف.
  • الشكل المورفولوجي: إمساخ نطفي
  • مزيج من هذه العيوب الثلاثة
• عندما لا يتم العثور على الحيوانات المنوية في السائل المنوي (فقد النطاف)، في هذه الحالة يتم أخذ الحيوانات المنوية مباشرة من الخصية (خزعة الخصية)
• عندما يحمل الرجل مرضًا معديًا (فيروس نقص المناعة البشرية، والتهاب الكبد، وما إلى ذلك) نحرص على تفادي إنتقال العدوى.
• إذا جمد الرجل حيوانه المنوي قبل الخضوع للعلاج الإشعاعي أو العلاج الكيميائي ويرغب في إستخدامه للإنجاب بمساعدة طبية.
• عندما لا يستطيع الرجل القذف في الظروف العادية.

قد يتم النصح باللجوء الى الحقن المجهري أيضا في الحالات التالية:

• عندما تنتج المرأة  عددا صغيرا من البويضات.
• عندما تحتوي البويضات على قشرة سميكة جدًا.
• في حالة العقم المناعي مع عدد قليل من الأجسام المضادة لمكافحة الحيوانات المنوية.
• في حالة الفشل المتكرر  للتخصيب الكلاسيكي في المختبر